ตามมติของคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 20 มิถุนายน 2538 ให้ทบวงมหาวิทยาลัยโดยมหาวิทยาลัยแม่โจ้ดำเนินการขยายวิทยาเขตของมหาวิทยาลัยไปยังจังหวัดแพร่ต่อมาคณะรัฐมนตรีได้มีมติเมื่อวันที่ 8 ตุลาคม 2539 ให้มหาวิทยาลัยแม่โจ้ปรับเปลี่ยนจาการขยายวิทยาเขตไปเป็นลักษณะของการขยาย ยังภูมิภาคหรือโครงการจัดตั้งมหาวิทยาลัยแม่โจ้-แพร่ ได้ดำเนินการจัดการเรียนการสอนในระดับอุดมศึกษาเพื่อขยายโอกาสทางกาศึกษาไปยังจังหวัดแพรและจังหวัดใกล้เคียงนอกจากนั้นมหาวิทยาลัยแม่โจ้-แพร่ ยังได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการจัดงาน ฉลองสิริราชสมบัติครบ 50 ปีให้เป็นโครงการเฉลิมพระเกียรติ จึงเรียกโครงการนี้ว่า โครงการจัดตั้งมหาวิทยาลัยแม่โจ้-แพร่ เฉลิมพระเกียรติ
เมื่อได้รับการเห็นชอบจากทบวงมหาวิทยาลัย จึงได้จัดตั้งมหาวิทยาลัยขึ้นในปี 2542 ในชื่อว่า มหาวิทยาลัยแม่โจ้ – แพร่ เฉลิมพระเกียรติ( Maejo University Phrae Campus) ตั้งอยู่เลขที่ 17 หมู่ 3 ถนนยันตรกิจโกศล ตำบลแม่ทราย อำเภอร้องกวาง จังหวัดแพร่ 54140
