สหพันธ์การเกษตรอินทรีย์ระหว่างประเทศ ได้นิยามหลักการของการทำเกษตรอินทรีย์ไว้ 4 ด้าน ได้แก่

1. ด้านสุขภาพ (health)

เกษตรอินทรีย์ เป็นรูปแบบการเกษตรที่ส่งเสริมสุขภาพของทรัพยากรให้มั่นคง อันหมายถึง การมีดินที่อุดมสมบูรณ์ที่ส่งเสริมต่อการเติบโตของพืชสำหรับใช้เป็นอาหารของสัตว์ และมนุษย์ สิ่งเหล่านี้เชื่อมโยงกันจึงส่งผลต่อกันอย่างหลีกเลี่ยงไม่ได้ อาทิ ดินที่ปราศจากสารพิษก็ย่อมไม่มีสารพิษในพืช พืชที่ไม่มีสารพิษทั้งที่มาจากดินหรือการฉีดพ่นของมนุษย์ ก็ย่อมทำก่อให้เกิดอันตรายต่อสุขภาพของสัตว์หรือมนุษย์ที่รับประทานเข้าไป

2. ด้านนิเวศวิทยา (ecology)

เกษตรอินทรีย์ เป็นรูปแบบการเกษตรที่เกื้อหนุนให้ทรัพยากรในระบบนิเวศวิทยาดำเนินตามวัฏจักรที่เป็นไปตามธรรมชาติ และเกิดการต่อเนื่องสมดุลกัน ทรัพยากรแต่ละอย่างทำหน้าที่ของตัวเองได้อย่างสมบูรณ์ ไม่เกิดการเปลี่ยนแปลงที่เพิ่มขึ้นหรือลดน้อยจนทำให้ระบบนิเวศขาดความสมดุล ทั้งทรัพยากรดิน น้ำ จุลินทรีย์ และสัตว์ ดังนั้น การทำการเกษตรใดๆจะต้องเกี่ยวข้องกับระบบนิเวศ ทั้งระบบนิเวศในแปลงเกษตร และภายนอกแปลงเกษตรเช่นกัน อาทิ ดินมีคุณภาพต่อการเติบโตของพืชอันมีน้ำฝน และน้ำชลประทานที่เพียงพอ รวมถึงการเกื้อหนุนจากสัตว์ และแมลงที่ช่วยในการเติบโตของพืช โดยมีมนุษย์คอยจัดการให้เกิดการเกื้อหนุนต่อระบบนิเวศนั้นๆ

3. ด้านความเป็นธรรม (fairness)

เกษตรอินทรีย์ ช่วยส่งเสริมในด้านความเป็นธรรมของทรัพยากร อันหมายถึง การส่งเสริมความเป็นธรรมในสิทธิของชนิดทรัพยากร สิทธิของมนุษย์ต่อการกระทำ และการใช้ทรัพยากร และสิทธิของมนุษย์ต่อมนุษย์ด้วยกันเองในการบริโภคทรัพยากรนั้นๆ

– สิทธิของชนิดทรัพยากร ได้แก่ การส่งเสริมให้เกิดความสมดุลของชนิดทรัพยากร ไม่มีชนิดใดมากเกินไปหรือน้อยจนเสียสมดุล

– สิทธิของมนุษย์ต่อการกระทำ และการใช้ทรัพยากร ได้แก่ การส่งเสริมให้เกิดการเกษตรที่ไม่ทำให้ทรัพยากรเกิดการเสื่อมสภาพ และการใช้ทรัพยากรนั้นๆอย่างพอเพียง

– สิทธิของมนุษย์ต่อมนุษย์ด้วยกันเองในการบริโภคทรัพยากร ได้แก่ การเคารพในสิทธิของคนอื่นต่อการใช้ทรัพยากรที่เขาครอบครองหรือร่วมแบ่งปันทรัพยากรอย่างเที่ยงธรรม

4. ด้านการดูแลเอาใจใส่ (cares)

การทำเกษตรอินทรีย์ มิใช่จะปล่อยให้ธรรมชาติจัดการเองในทุกเรื่อง แต่เกษตรกรหรือผู้ทำเกษตรอินทรีย์เองจะคอยร่วมจัดการ และส่งเสริมให้เกิดความสมดุลขึ้นในระบบ อันประกอบด้วยการเอาใจใส่ในกระบวนการผลิตที่ต้องคอยเกื้อหนุนให้ทรัพยากรทั้งดิน น้ำ และสัตว์อื่นๆเกิดความสมดุล และเกิดปลอดภัยในการทำเกษตรนั้น อันได้แก่ ไม่ใช้สารเคมีที่มีผลต่อทรัพยากรในระบบ หรือส่งเสริมให้เกิดการปนเปื้อนของสารพิษในผลผลิต ซึ่งส่วนนี้ถือเป็นกระบวนการแรกที่ทำให้เกษตรกรเกิดจิตสำนึก และเอาใจใส่ต่อคุณภาพของผลิต อันปราศจากการปนเปื้อนหรือตกค้างของสารใดๆที่อาจเป็นอันตรายต่อผู้บริโภค